Depuis le 1er septembre 2026, les règles de prescription d’un arrêt maladie ont changé. Le médecin, la sage-femme ou le chirurgien-dentiste doit désormais indiquer le motif médical, et la durée d’un arrêt est plafonnée : 31 jours pour un arrêt initial, 62 jours pour une prolongation. Ce guide fait le point sur ces nouveautés, sur le calcul des indemnités journalières et sur les démarches du salarié, d’après l’Assurance Maladie.
Ce qui change depuis le 1er septembre 2026
Deux règles sont entrées en vigueur, dans le cadre de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, selon ameli.fr.
- Le motif médical devient obligatoire. Pour toute prescription, hors accident du travail et maladie professionnelle, le prescripteur précise systématiquement les éléments d’ordre médical qui justifient l’arrêt. Ils sont destinés au service médical de la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM).
- La durée est plafonnée. Un arrêt initial ne peut pas dépasser 31 jours, et chaque prolongation 62 jours. Si votre état de santé exige plus longtemps, vous devez revoir un professionnel de santé.
Le plafond n’est pas absolu. Le prescripteur peut y déroger s’il justifie sur l’arrêt la nécessité d’une durée plus longue, au regard de la situation du patient et, quand elles existent, des recommandations de la Haute Autorité de santé. Ces règles concernent les médecins, les sages-femmes et les chirurgiens-dentistes, et ne s’appliquent pas à Mayotte, précise Service-Public.
Les agents de la fonction publique relèvent de règles propres, présentées dans une actualité de Service-Public.
Côté assuré, rien ne change dans les démarches, mais elles restent strictes.
Les démarches du salarié : qui envoie quoi, et sous quel délai
Tout dépend de la manière dont l’arrêt est prescrit.
- Prescription en ligne : l’essentiel des données part automatiquement à la CPAM. Le médecin vous remet un exemplaire papier, le volet 3, que vous devez envoyer à votre employeur dans les 48 heures suivant le début de l’arrêt, quelle que soit sa durée.
- Prescription sur formulaire papier : vous adressez les volets 1 et 2 à votre caisse primaire et le volet 3 à votre employeur.
Depuis le 1er juillet 2025, seul le formulaire Cerfa sécurisé est accepté pour un arrêt papier. La caisse ne prend plus les scans ni les photocopies, qui sont détectés comme des faux. À la remise de l’arrêt, vérifiez la présence de parties surlignées en orange et d’un logo de l’Assurance Maladie de couleur argent.
À réception, l’employeur vous remet une attestation de salaire qui sert au calcul des indemnités. Si vous avez plusieurs employeurs, chacun en établit une.
Attention aux téléconsultations : un arrêt prescrit ou renouvelé à distance ne peut pas dépasser 3 jours, et aucun renouvellement ultérieur n’est possible à distance. Au-delà, l’arrêt n’est pas indemnisé, sauf si la téléconsultation a été réalisée par votre médecin traitant ou votre sage-femme référente, ou si vous prouvez l’impossibilité de consulter en personne pour une prolongation.
Avoir droit aux indemnités journalières : les conditions
Les indemnités journalières (IJ) compensent en partie votre salaire pendant l’arrêt. Les conditions dépendent de sa durée, indique ameli.fr.
Pour un arrêt de moins de six mois, une condition suffit :
- avoir travaillé au moins 150 heures pendant les 3 mois ou 90 jours qui précèdent l’arrêt ;
- ou avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le Smic horaire brut pendant les 6 mois qui précèdent. Pour un arrêt débutant le 1er juillet 2026, ameli donne l’exemple de 12 494,65 euros.
Pour un arrêt de plus de six mois, il faut être affilié à l’Assurance Maladie depuis 12 mois, et avoir travaillé 600 heures sur les 12 mois précédents ou cotisé sur au moins 2 030 fois le Smic horaire. Les saisonniers, qui n’atteignent pas les seuils courts, peuvent aussi justifier de 600 heures ou de 2 030 fois le Smic sur 12 mois.
On peut percevoir 360 jours d’indemnités sur une période maximale de trois ans. Une affection de longue durée ouvre droit à des indemnités pendant trois ans.
Le montant : 50 % du salaire journalier de base, avec un plafond
L’indemnité journalière est égale à 50 % du salaire journalier de base, calculé sur la moyenne des salaires bruts des trois derniers mois (douze mois pour une activité saisonnière). Exemple d’ameli : pour un salaire de 75 euros par jour, l’indemnité est de 37,50 euros bruts par jour.
Le salaire n’est pris en compte que jusqu’à 1,4 fois le Smic mensuel, soit 2 613,83 euros bruts pour les arrêts débutant à partir du 1er juillet 2026. L’indemnité ne peut donc pas dépasser 42,97 euros bruts par jour pour les arrêts prescrits à compter de juillet 2026 (41,95 euros en juin).
Votre employeur peut compléter ces sommes. Une convention collective ou un accord d’entreprise prévoit parfois le maintien du salaire, en totalité ou en partie. Dans ce cas, c’est lui qui perçoit les indemnités de la caisse avant de vous les reverser : c’est la subrogation. Pour connaître vos droits face à l’employeur, consultez notre guide des droits du salarié.
Quand l’arrêt maladie est-il payé ?
La caisse verse les indemnités après le traitement de votre dossier, puis en moyenne tous les 14 jours. Les délais de traitement de votre caisse et votre relevé de remboursement se consultent dans votre compte ameli. La prescription dématérialisée, transmise directement à la caisse, réduit les délais de paiement, alors qu’un formulaire papier incomplet ou non sécurisé peut les allonger, voire faire rejeter l’arrêt. En cas de subrogation, le versement passe par l’employeur.
Le délai de carence de trois jours, et ses exceptions
Pendant les trois premiers jours de chaque arrêt, aucune indemnité de la caisse n’est versée : les IJ sont dues à partir du 4e jour. La caisse les verse ensuite, en moyenne, tous les 14 jours.
Le délai de carence ne s’applique pas dans plusieurs cas.
- Une prolongation qui suit une reprise d’activité de 48 heures maximum.
- Une affection de longue durée (la carence n’est alors retenue que pour le premier arrêt, sur une période de trois ans).
- Un accident du travail ou une maladie professionnelle.
- Un arrêt à la suite d’une interruption spontanée de grossesse.
Selon la convention collective, votre salaire peut être maintenu même pendant la carence.
Sans emploi, en Cesu ou indépendant : des règles adaptées
Si vous êtes sans emploi, vous pouvez percevoir des indemnités si vous touchez une allocation chômage ou avez été indemnisé au cours des 12 derniers mois, ou si vous avez cessé votre activité salariée depuis moins de 12 mois. Le montant repose sur vos derniers salaires, pas sur l’allocation, et les IJ ne se cumulent pas avec l’allocation chômage : celle-ci est suspendue, ce qui reporte d’autant vos droits.
Les salariés payés en Cesu ou Pajemploi doivent en plus envoyer à leur CPAM une attestation sur l’honneur indiquant le dernier jour travaillé chez tous leurs employeurs.
Les indépendants, dont les micro-entrepreneurs, relèvent d’une indemnisation distincte, calculée sur leur activité : consultez les pages dédiées d’ameli.fr et de l’Urssaf.
À faire et à éviter pendant un arrêt
Envoyez vos volets dans les délais : un retard peut retarder ou compromettre le paiement. Conservez vos relevés d’indemnités journalières sans limite de durée, comme vos bulletins de salaire, car ils valident aussi vos droits à la retraite, un point que rappelle notre guide de la retraite. Enfin, méfiez-vous des faux messages se réclamant de l’Assurance Maladie, fréquents en période de remboursements : notre guide des arnaques et du phishing détaille les réflexes de vérification.
Questions fréquentes
Quelle est la durée maximale d’un arrêt maladie en 2026 ?
Depuis le 1er septembre 2026, 31 jours pour un arrêt initial et 62 jours pour chaque prolongation. Le professionnel de santé peut déroger à ces plafonds en justifiant la nécessité d’une durée plus longue.
Le médecin doit-il indiquer le motif de mon arrêt ?
Oui, depuis le 1er septembre 2026 pour tout arrêt hors accident du travail et maladie professionnelle. Ce motif est destiné au service médical de la caisse primaire d’assurance maladie.
Combien touche-t-on par jour pendant un arrêt maladie ?
50 % du salaire journalier de base, avec un plafond : 42,97 euros bruts par jour pour les arrêts prescrits à partir de juillet 2026. L’employeur ou la convention collective peuvent compléter ce montant.
Y a-t-il des jours de carence ?
Oui, trois jours au début de chaque arrêt, sauf exceptions comme l’affection de longue durée, l’accident du travail ou une prolongation après une reprise de 48 heures maximum.
Peut-on envoyer une photocopie de son arrêt de travail ?
Non. Depuis le 1er juillet 2025, seul le formulaire Cerfa sécurisé est accepté pour un arrêt papier, et les scans ou photocopies sont rejetés.
Un arrêt prescrit en téléconsultation est-il indemnisé ?
Oui, dans la limite de 3 jours. Au-delà, il ne l’est pas, sauf si la téléconsultation est faite par le médecin traitant ou la sage-femme référente.
Sources : ameli.fr, arrêts de travail pour maladie : ce qui change au 1er septembre 2026 ; ameli.fr, les indemnités journalières du salarié